Po powrocie z Rzymu w 1988 r. był ojcem duchownym w sandomierskim seminarium i wykładowcą teologii dogmatycznej. Wcześniej, na Uniwersytecie Gregoriańskim, nie tylko zgłębiał najnowsze trendy naukowe, ale też napisał doktorat sumujący osiągnięcia w dziedzinie refleksji o Bogu, świecie i człowieku Karla Rahnera, niemieckiego jezuity, jednego z największych – obok Josepha Ratzingera – współczesnego teologa. Bardzo szybko doceniono naukowe możliwości ks. Ignacego Bokwy. Został wykładowcą na Akademii Teologii Katolickiej, obecnie Uniwersytecie Stefana Kardynała Wyszyńskiego. Tam habilitował się, a potem zrobił wszystko, czego wymagały przepisy, by otrzymać naukowy tytuł profesora.