Choć teologia systematyczna interesowała go od zawsze, dalsze studia, te po seminarium, rozpoczął po 16 latach pracy duszpasterskiej. Dla wielu młodych, szczególnie tych związanych z muzyką chrześcijańską czy oazą, był wręcz idolem. „Pieśń Apostoła” – polskie słowa do jednego z kultowych utworów musicalu „Jesus Christ Superstar” to „jego robota”. Prowadził zespoły, sam grał na gitarze, komponował, nagrywał płyty. – Do napisania doktoratu zachęcał mnie Ignacy. Mówił: „Napisz doktorat, a potem zrobisz, co będziesz chciał” – mówi ks. Marek Jagodziński, wspominając inspirującą rolę ks. prof. Ignacego Bokwy, jego serdecznego przyjaciela i promotora pracy doktorskiej.