Ksiądz Kowalczyk zwraca uwagę, że Jan Paweł II od początku swojego pontyfikatu był niewygodny dla wielu grup. Przypomniał, że już niespełna trzy lata po wyborze na Stolicę Apostolską przeżył zamach na swoje życie. - Był niebezpiecznym człowiekiem dla wielu systemów. Ale wierzę, że światło Jana Pawła II będzie świeciło jaśniej. Widać ogromne poruszenie ludzi, którzy bronią papieża-Polaka i wiedzą, że jest wiele fałszywych oskarżeń. Wykorzystywanie akt ubeckich, aby uderzyć w osobę Ojca Świętego jest kuriozalne – powiedział ks. Kowalczyk, który był gościem Radia Plus Radom.

Kapłan ostrzega, że każdy spolaryzowany naród staje się łatwym celem dla wrogów. - Musimy mieć świadomość, że silna wiarą Polska nie pasuje wszystkim. Jan Paweł II jest jednym z filarów naszej wiary. Nie zapomnę płaczu, jaki wypełnił świątynię, po komunikacie o śmierci papieża i nie zapomnę słów, które powiedział wtedy bp Edward Materski, że Jan Paweł II to było wielkie zwycięstwo Boga w dziejach świata, a psalmista mówił wówczas: "Wielkich dzieł Boga nie zapominajmy". Z drugiej strony odbieram telefony z całego świata z pytaniem, co dzieje się teraz w Polsce. Ludzie tego nie rozumieją. Dzisiaj mamy do czynienia z osobami, które chcą być "autorytetami", ale najpierw próbują podkopać autorytet Jana Pawła II.

Fundacja "Dzieło Nowego Tysiąclecia" została powołana przez Konferencję Episkopatu Polski w 2000 roku jako wyraz wdzięczności dla Ojca Świętego Jana Pawła II za Jego niestrudzoną posługę duchową na rzecz Kościoła i Ojczyzny. Idea utworzenia Fundacji jako organizacji, której działalność ma upamiętniać Pontyfikat Jana Pawła II przez promowanie nauczania Papieża i wspieranie określonych przedsięwzięć społecznych, głównie w dziedzinie edukacji i kultury, narodziła się po pielgrzymce Ojca Świętego do Polski w 1999 r.